跟着单细胞转录组测序技巧的急迅起色与通常利用，琢磨职员得以特别精致地了然植物细胞的多样性和异质性，从而深远揭示植物发展发育和反应处境改观的分子机造。然而，植物单细胞，为琢磨职员供应数据重用与比拟的一站式处分计划，也是植物单细胞琢磨范畴所紧急须要的。

　　幼编即日向大多分享7个适用的植物单细胞数据库，帮帮你实行数据探乞降琢磨。

　　数据库掩盖：17个物种，67个数据集，约250万个细胞，259个细胞类型，约23万个marker基因

　　功效：浏览与征采、多个数据集比拟认识、BLAST、细胞类型对照、细胞类型预测

　　scPlantDB供应了marker基因词云显示功效果树。当用户抉择了某个物种的某个构造，scPlantDB可能将其marker基因以列表或者词云的方法显示出来。

　　scPlantDB可能对用户输入的基因实行细胞类型预测。比如，幼编输入了4个拟南芥叶肉构造marker基因和1个无闭基因，取得了多个预测结果，此中恐怕性最高的为叶肉构造，Similarity score为0.8。

　　数据库掩盖：15个物种，38个构造，451个细胞类型，逾11万个marker基因

　　功效：浏览与征采、多个数据集比拟认识、BLAST、集成JBrowse、4个物种的空间转录组数据

　　本文先容的数据库根本都供应了征采引擎。以PlantscRNAdb为例，可能输入完全的细胞类型来盘查marker基因；也可能输入marker基因来反向查看细胞类型。

　　除了单细胞转录组数据，PlantscRNAdb也整合了四个物种（拟南芥、水稻、大豆、蝴蝶兰）的空间转录组数据。

　　数据库掩盖：6个物种，22个构造，263个细胞类型，逾8万个marker基因

　　功效：三种marker基因类型、浏览与征采、BLAST、整合了两种细胞类型预测器械SCSA和SingleR

　　PCMDB所收录的marker基因依据源泉文件的分歧，可分为三品种型：源泉于单细胞琢磨（scRNA-seq）的作品、源泉于bulk RNA-seq的作品、源泉于做过生物学实行验证的作品。

　　PCMDB还声援两种基于marker基因新闻的认识器械：基于marker的细胞类型预测器械SCSA，以及基于参考数据的细胞类型预测器械SingleR。

　　PsctH对待收录的marker基因拥有庄苛的圭表：必需通过RNA原位杂交或GFP通知基因验证了其功效。正在这一圭表下，PsctH收录了源泉于20余篇文件的98个marker。

　　PsctH还供应了一个对用户友情的单细胞数据统治管道果树。用户上传Cell Ranger数据后，可对证地把握阈值、归一化手段、降维算法果树、marker基因识别阈值等多个参数实行自界说配置，如下图，拖动滑块即可。这对待生信认识技能较弱的琢磨职员万分友情。

　　RCAR显示了两个农业栽培范畴苛重的水稻种类粳稻Nip和籼稻93-11根尖构造的单细胞转录组全景图谱。正在Cluster search页面，通过点击某个细胞分群，可能查看群体中各基因的表达情形。

　　正在RCAR的Locus search页面，输入基因ID，可能查看某基因正在细胞图谱中的表达情形。

　　开拓团队：图宾根大学植物分子生物学核心Marja Timmermans课题组

　　PscB紧要的数据源为Timmermans课题组的两篇文件，一篇做的是拟南芥根，一篇是拟南芥叶。用户先抉择器官，然后输入至多4个基因ID，网站可能给出这些基因的表达情形，并通过列表、UMAP图、幼提琴图等方法发现。

　　区别类型的植物细胞配合造成了一个动态且丰富的细胞通信汇集，为了然析这一调控汇集，郑海雷课题组开拓了一个R包PlantPhoneDB。基于已宣布的单细胞数据集，行使PlantPhoneDB包可预测出有明显通信活性的配体-受体互作对，并绘造多种可视化图形，如热图、气泡图图等。PlantPhoneDB数据库则显示了十余个植物单细胞数据集正在颠末PlantPhoneDB包认识后的细胞通信结果。

　　联川生物已正在拟南芥、棉花、幼麦、水稻、茶树、红豆杉、铁皮石斛等几十余个植物物种上胜利发展了单细胞核悬液造备实行果树，并交付了测序与天性化认识数据。当然，植物样本拥有高度的丰富性。正在面临源泉于区别物种、区别年/日龄、区别器官的植物样本时，咱们恐怕须要为其造订一套天性化的实行计划（如细胞核提取液配方、细胞核冲洗手段、流式分选政策等）。这个经过恐怕是充满挑衅性与探求性的，但同时也是很兴趣的。

　　帮帮更多的植物学、农学琢磨职员利用单细胞技巧完毕科研冲破，即是联川生物从一而终的愿景。985大学果树学博士分享7个适用的植物单细胞商量数据库